1985年成立孝感市（原县级市）文物管理所，与孝感市文化馆一个班子两块牌子合署办公。1990年6月改为孝感市博物馆，1993年更名为孝感市孝南区博物馆，独立办公。 孝感市孝南区博物馆原坐落于孝感市交通大道333号，与孝感市孝南区文旅局、孝南区图书馆同在一座大楼办公。2013年，因孝南区图书馆大楼及周边纳入整体规划拆除，原址重建，2013年5月，孝南区博物馆办公、库房、展厅搬迁至孝感市体育馆体育艺术学校二楼。2015年6月底，孝南区博物馆展厅及办公一并搬到丹阳古镇，2015年7月1日，丹阳楼展厅正式对外免费开放。2021年7月1日，位于朋兴乡北庙村的王新亭红色教育基地对外试运行。2021年8月底，孝南区博物馆库房搬回至交通大道图书馆五楼。 孝南区博物馆展厅位于于丹阳楼的二、三、四楼。分别为二楼“城市之根 叶家庙遗址”展；三楼“文化基石 孝文化”展；王新亭红色教育基地陈列有王新亭生平事迹陈列展和王新亭故居陈列展。博物馆展厅和库房、办公全方位监控设施，展厅和库房全天24小时保安和工作人员无缝对接，确保展厅、库房、办公区域安全。