菏泽市博物馆成立于1984年，国家三级博物馆，前身为菏泽地区毛泽东思想展览馆，1972年更名为菏泽地区展览馆。1980年更名为菏泽地区文展馆，1984年10更名为菏泽地区博物馆。2000年更名为菏泽市博物馆；现为省市爱国主义教育基地、科普教育基地、省级文明单位、山东省首批国家免费开放博物馆，是菏泽市重要的公共文化服务阵地和对外文化交流窗口单位之一，占地面积13000平方米，建筑面积4200多平方米，展厅面积1900多平方米，藏品11499件套，其中以元代古船及元青花龙纹梅瓶等出土文物藏品最具特色。 事业编制38名，其中专业技术岗位37名，现有正高级4名，副高级4名。现有监控摄像头110个、红外报警器46个、集中监控设施1个、消防栓5个、灭火器100具。现有的基本陈列为《撷珍——菏泽历史文物精品展》，2021年5月正式对外开放，分为“祖源探寻、堌堆文化、大汉溯源、古船遗珍”四大主题板块，通过灵活运用实物陈列、图片展示、文字说明和VR、多媒体3D全息场景还原、沙盘模型等丰富多样的传统展示手段和现代科技，充分揭示了菏泽这座古老城市昔日的繁华、璀璨和厚重的历史人文气息。