常州市圩墩遗址博物馆是常州地区唯一的一座遗址类博物馆，是圩墩遗址公园的特色亮点，也是集中展示六千多年前马家浜文化时期圩墩先民的社会生活和风俗文化的特色区域。 博物馆内共有两层展示区域，一楼主要是对马家浜文化时期先民生活场景的再现。展区内通过运用集音装置、电子触摸屏、真实场景再现等形式集中展示了六千多年前圩墩先民的生产和生活情况。 二楼主要展示了圩墩遗址的出土物，展示区内共展出文物274件，包括圩墩遗址中最具代表性的木器“中华第一橹”、大量的陶器、骨角器以及保存至今仍然完好的6000年前的圩墩人骨架。另外，在圩墩人的社会生活版块，还可以了解到圩墩先民的拔牙习俗以及特色葬俗。同时展厅专门辟出场地，增设了和博物馆相关的社教活动场所，进一步丰富了博物馆的文化活动，更凸显出博物馆的社会教育职能。加深了参与者对圩墩文化的进一步了解。