厦门市博物馆成立于1983年2月23日，属全额财政拨款事业单位，隶属厦门市文化和旅游局。2006年6月，厦门市文博机构整合，厦门市郑成功纪念馆、厦门经济特区纪念馆和厦门市文化遗产保护中心并入厦门市博物馆。2019年10月，机构编制调整，加挂“厦门市文化遗产保护中心”牌子，内设机构调整为办公室、陈列展览交流部、保管与征集部、信息和数字化部、文物保护科技部、宣教部、厦门市郑成功纪念馆、厦门经济特区纪念馆、保卫部、文化创意部。2024年现有编制数96人，实际在岗干部职工89人。现有文物类藏品近七万件（套），藏品体系可分为海洋文化、闽台文化、特区文化及红色文化，完全符合本馆宗旨、使命，形成了完整的藏品体系，对整个东南地区文化、历史的研究有重要意义。现有10个基本陈列常年对外免费开放，分别是《厦门历史陈列》《闽台古石雕大观陈列》《闽台民俗陈列》《馆藏文物精品陈列》《郑成功生平历史陈列》《大厦之门 敢拼会赢——厦门经济特区建设历史陈列》《金砖国家厦门会晤专题陈列》《鹭岛惊雷——厦门破狱斗争纪实》《陈化成史迹展》和《鸦片战争与厦门——陈胜元故居展示陈列》。配备较为完善的监控报警系统、消防系统、防雷系统、安检设备及防暴防恐等安防设备。