库车市龟兹博物馆为正科级全额事业单位，内设综合办公室、陈列宣教室、文物保护与学术研究室，下设龟兹博物馆、林基路烈士纪念馆、龟兹魏晋遗址博物馆三个主体展馆。现有馆藏文物3985套/件。其中一级文物12件，二级文物24件，三级文物60件。现有编制18人，其中，副高职称1人，中级职称6人，初级职称9人，管理岗4人。馆长1人，副馆长2人，管理岗职员1人。2024年龟兹博物馆积极筹备建设新馆，拟分为三个常设展厅：通史展厅、龟兹佛教文化艺术展厅、龟兹故城展厅，两个临展厅，2025年5月正式对外开放；林基路烈士纪念馆分为青年党员林基路、人民县长、红色伉俪、“继往开来”研学互动厅四个部分；龟兹魏晋遗址博物馆分为序厅、古墓原址展示厅，2024年荣获“全国考古遗址保护展示十大优秀案例”“缪斯设计金奖”“全国基本建设考古和文物保护优秀案例”“数字遗产最佳实践案例”。