1984年成立石城县文物保护管理所，1992年宝福院塔维修竣工后，于1993年经县人民政府批准，撤所改馆，由石城县文物保护管理所更名为石城县博物馆。经县人民政府批准，在距宝福院塔100米处琴江大桥东端兴建博物馆（现琴江东路153号）。占地面积1535.3平方米（包括余坪），建筑面积1560平方米。展览厅260平方米，库房60平方米，办公室等8间260余平方米。单位级别：股级事业单位，人员编制5人，现有工作人员10人。工作职责是：收藏文物、文物研究、文物陈展宣传；不可移动文物调查、文物保护管理、文物宣传。馆藏文物：二级文物17件，三级文物81件，一般文物580件，另有古钱币4197枚，藏品大多为客家文物和古陶瓷。 2017年10月博物馆原馆址因政府规划拆迁，2019年县政府利用原复烤厂旧厂房改建博物馆，新馆占地面积约12300平方米，室内陈展面积约7000平方米，办公场所及功能用房约1800平方米。建有“生态石城馆、客家记忆馆、石城历史博物馆、非遗馆”四个展馆及一个临时展厅。