花垣县苗族博物馆前身是花垣县文物陈列室，2011年3月25日花垣县机构编制委员会办公室下发《关于设立花垣县苗族博物馆的通知》（花编办发[2011]6号）文件，花垣县苗族博物馆正式成立，全额拨款事业编制2名，当时与花垣县文物管理局实行“两块牌子，一套人马”的管理模式，2012年列入中国国有博物馆名录。2013年4月3日花垣县机构编制委员会办公室下发《关于县苗族博物馆增加编制的通知》（花编办发[2013]104号）文件，为花垣县苗族博物馆增加编制1名，编制增加后，花垣县苗族博物馆全额拨款事业编制为3名。2015年8月花垣县苗族博物馆搬迁至现花垣县文化旅游广电局三楼，同月布展完成并对外开放。2022年6月10日，花垣县机构编制委员会办公室下发《关于划转编制到花垣县旅游服务中等事业单位的通知》（花编办发[2022]36号）文件，根据《中共花垣县委机构编制委员会会议纪要》（[2022]第1次精神，同意从花垣县文化旅游广电局划转2名全额事业编制到花垣县苗族博物馆（花垣县考古研究中心），至此花垣县苗族博物馆全额拔款事业编制为5名，目前在编人员4人。