国家一级博物馆，首批中央与地方共建的国家级博物馆，江苏省文物保护单位。全院分四个区域，总占地面积9.35万平方米，建筑面积10.9万平方米。前身为国立中央博物院筹备处。1950年3月更名为国立南京博物院，1954年9月更名为南京博物院。南京博物院现有藏品43万余件（套），上至旧石器时代下迄当代，既有全国性的又有江苏地域性的；既有宫廷传世品又有考古发掘品，还有一部分来源于社会征集及捐赠。南博根据藏品种类繁多的特色，突出服务公众的理念，形成了“一院六馆”的格局，历史馆、艺术馆、特展馆、数字馆、非遗馆、民国馆。南京博物院设有六个研究所，考古研究部、江苏省文物保护科技研究所、江苏省非物质文化遗产保护研究所、陈列艺术研究所、古代建筑研究所、古代艺术研究所。在考古发掘、文物保护、非物质文化遗产保护与传承、陈列艺术、古代建筑、古代艺术等研究领域成果显著。建院以来，南京博物院主持编撰了文博、考古图书百余部。南京博物院主办的《东南文化》期刊是中文核心期刊（北大核心）、中国人文社会科学核心期刊（A刊）、中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊（南大C刊）等“三核心”期刊。