黑龙江大学博物馆成立于2003年4月，是黑龙江省高校第一家博物馆。博物馆坚持“展教并重”的办馆原则，形成了“凸显红色根脉、高扬教育旗帜”的鲜明特色。博物馆设有校史展、馆藏文物展、不忘初心——马克思主义在中国早期传播展、红色之路——马克思主义在黑龙江早期传播展、肃慎族系演进历史展、新中国文艺从这里走来专题展等。博物馆有各级各类文物2000余件套，其中经省文物鉴定专家组认定的3级以上珍贵文物数百件。博物馆是全国社会科学普及基地、黑龙江省爱国主义教育基地，黑龙江省社会科学普及基地、黑龙江省科普基地、黑龙江省首批“留学报国教育基地”、黑龙江省首批高校铸牢中华民族共同体意识教育实践基地。