博物馆建于琉璃河遗址之上，1990年开始筹建，1995年对外开放。2021年琉璃河遗址入选中国“百年百大考古发现”。 文物藏品254件（套），包括陶瓷器、青铜器和玉石器等，馆内还原址保留了4座燕国贵族墓及随葬车马坑。 基本陈列“北京的城市起源”，通过众多的出土器物及铭文，证实了琉璃河遗址为西周初期燕国的都城遗址，这也把伟大首都建城的历史推进到3000多年前。馆内设立“燕都工坊”，将拓片、雕版印刷、石膏浇筑等传统技艺与DIY造型涂色等现代工艺相结合，使观众们在动手过程中感受古老燕都文化。 同时提取堇鼎、伯矩鬲等文物中的元素，设计开发了“鼎天鬲地”、“燕国达人”系列文创产品，并已对品牌进行了商标注册。 1995年被评为北京市爱国主义教育基地，2012年被评为全国科普教育基地，2021年成为北京市社会大课堂优秀资源单位和北京市校外教育基地。琉璃河遗址馆区因市级及以上爱国主义教育基地考评优秀获得20万元奖励扶持。现该馆区因“23.7”特大暴雨洪涝灾害，正在进行恢复重建工作。