蓬莱古船博物馆位于蓬莱水城及蓬莱阁保护区的西南角小海岸边，是蓬莱水城项目的精华所在，是古登州悠久历史和灿烂文化的缩影。作为蓬莱水城的重要组成部分，1984年蓬莱水城小海清淤过程中出土蓬莱一号古船和部分文物，经过对古船保护修复，1990年登州古船博物馆建成并对出土文物进行展示;2005年蓬莱水城小海再次清淤，相继出土3艘古船，种类之多、数量之大为国内外罕见。为了对古船和出土文物进行展示、保护和研究，根据2005年10月“蓬莱水城小海古船保护讨论会”专家的意见，决定在发掘古船遗址上建设蓬莱古船博物馆，同时登州古船博物馆于2010年关闭。2012年5月18日，蓬莱古船博物馆新馆正式对外开放。博物馆总建筑面积7276平方米，其设计结合古船展示和保护的特点，将博物馆主体基本埋与地下，地面仅保留绿坡和古船台展示场，并根据历史文献和考古发掘复建城墙和部分古建筑，从而保持了水城风貌的历史真实性和完整性。根据考古研究复原的三艘古船，营造出战船停泊在海湾的景象。本展由相互关联的五部分组成：回眸海丝话登州、瑰宝再现印海丝、历史衍进说造船、放眼世界看丝路、全面开放谱新篇。蓬莱古船博物馆将发掘研究古船、古港及海洋文化精髓为己任，是一座集收藏、研究、展示、旅游、教育为一体的多功能的专业性博物馆。