博物馆基本陈列分为两个专题展厅。第一展厅“西水遗韵”重点展示南部县的古代历史文化，以其馆藏文物为核心，梳理南部县的历史发展脉络，重点突出“佛教艺术文化”以及以川北民居、川北木雕为代表的“古建筑文化”，表现形式主要有场景复原、多媒体播放及互动等。第二展厅“红色盐乡”以南部县制盐、产盐的历史为铺垫，通过场景复原、三维动画等形式，突出盐乡在红色革命斗争中的重要地位与贡献，讲述盐乡人民与红军战士并肩作战，谱写的可歌可泣的英雄故事。