南京大报恩寺遗址博物馆位于南京市秦淮区中华门外，是中国规格最高、规模最大、保存最完整的寺庙遗址，博物馆中保护性展示了大报恩寺遗址中的千年地宫和珍贵画廊，以及从地宫中出土的石函、铁函、七宝阿育王塔、金棺银椁等世界级国宝，是夫子庙秦淮风光带重要组成部分。 2008年，从大报恩寺前身的长干寺地宫出土了震惊世界和佛教界的世界唯一一枚“佛顶真骨”、“感应舍利”、“诸圣舍利”以及“七宝阿育王塔”等一大批世界级文物与圣物，是中国规格最高、规模最大、保存最完整的寺庙址。2011年，评为“2010年度全国十大考古新发现”。2012年，作为中国海上丝绸之路项目遗产点列入中国世界文化遗产预备名单。2013年，被国务院核定公布为全国重点文物保护单位。2015年12月16日开馆。2017年7月，被列为国家4A级旅游景区 。2020年12月，入选“第四批国家二级博物馆”名单，2024年5月入选“第五批国家一级博物馆”名单。