峨眉山博物馆由主馆和儒释道文化展区分馆构成。主馆位于风光秀丽的峨眉山麓报国寺凤凰湖畔，于2001年5月1日完成布展并对外开放，陈列展览面积4000平方米。是一座集地质、动植物、历史、宗教、民俗于一体，充分展示峨眉山文化与自然遗产丰富内涵的综合性博物馆。主馆基本陈列名称为“世界文化与自然遗产——峨眉山”，展览由影视厅、地质厅、动物厅、植物厅、峨眉文化厅、道教文化厅、书画厅、佛教艺术厅组成。既展示了峨眉山作为“地质博物馆”“植物王国”和“动物乐园”等丰富的自然资源，又展示了峨眉山作为“普贤道场”的佛教文化和丰富多彩的地方民俗文化。儒释道文化展区分馆位于瑜伽河畔，于2006年完成布展并对外开放，2020年实施了提升改造。由儒释道厅、三教会宗厅、峨眉武术厅、仙山原气厅、山灵水秀厅五个展馆和四个庭院构成，集中向游客展示了儒、释、道在峨眉山相互交融的历史渊源。峨眉山的馆藏文物地志性较强，绝大部分文物与峨眉山及其附近区域的重大历史发展阶段相关，成为研究峨眉山地方文化乃至四川文化的珍贵实物资料。