通州区博物馆是一座保存完好的清代二进四合套院，典型的北京建筑风格，颇具地方特色。馆址“万字会院”是通州区文物保护单位，清朝于此建三官庙，后因北京万国道德会在此活动，院内建筑多雕刻“卍”字故而得名。通州区博物馆展陈总面积达到了600平方米，首次展出了很多馆藏的珍贵文物。目前，展厅分为两个部分，第一部分是通州文明展：主要介绍了通州自西汉置县2200年的历史沿革，表述了通州运河文化史启于秦汉，兴于元、明、清的古代辉煌，弘扬了通州人崇尚文明，辛勤耕耘的奋斗精神。第二部分是临展区：主要承办一些临时性的展览，以丰富观众参观博物馆的观赏性和需求。