南京鼓楼医院历史纪念馆占地面积369.3平方米，建筑面积1277平方米，是全国重点文物保护单位，被南京市委、市政府列为“市级爱国主义教育基地”，被市委宣传部列为“对外文化交流基地”。 本馆充分发挥了爱国主义教育基地传承历史文化，培育和弘扬社会主义核心价值观的历史使命，同时贯彻了党建引领、医疗立院、科教强院、文化铸魂的鼓医发展理念和厚德、进取、求实、卓越的鼓医精神。南京鼓楼医院历史纪念馆分三个展厅从历史长河、发展成就、党建文化等多个角度展现了医院130多年的历史，特别是新中国成立后医院翻天覆地的变化。馆内展示了历史珍贵照片300余张，20世纪初出版的医学图书、工具书21种500余册，老医疗器械等实物近300件，包括以孙中山先生为首的30名民国要员签名盖章、陈祖荫老院长历史物件、鲍恩典日记、采玉勋章、医院各个时期的印章、1938—1942年医院财务账本等珍贵史料。并在一厅设立了“侵华日军南京大屠杀期间的鼓楼医院”展区，通过展示历史物件和资料，陈述了侵华日军在南京的种种暴行以及鼓楼医院成为南京大屠杀期间南京城内唯一对平民开放的医院，留守医护人员包括国际友人不顾个人安危，救治了大量伤病员的感人故事。