大鹏古城博物馆成立于1996年，2021年经新区党工委同意，更名为“深圳市大鹏新区博物馆”，增加东江纵队司令部旧址文物保护工作职责，主要以保护大鹏所城、东江纵队司令部旧址文物，研究大鹏历史，做好爱国主义教育和旅游开发工作，大鹏所城、东江纵队司令部旧址文物维修、征集、保护；举办各种陈列展览、业务研讨以及国保文物周边范围内的旅游开发为主要职责。