杭州孔庙由东、西两个既相互连贯又相对独立的区域组成。西区为孔庙中轴线，建筑群由棂星门、泮池、大成门、东西庑、碑亭、大成殿等组成。大成殿内按传统孔庙格局布置，东西庑内展品展陈在展柜内，另有两通碑石陈列在碑亭内。东区为典型的江南园林式庭院，水庭位于整个庭院的中心，石经阁、星象馆、文昌阁等建筑在假山池水间参差错落，曲折绵长的回廊则将它们有机地串联在一起。建筑和回廊内陈列着各类碑石，展示方式有玻璃长廊、嵌墙玻璃罩、展柜、露天展示等方式。