菏泽市牡丹区博物馆为原菏泽地区菏泽市博物馆，成立于1991年，编制12人。2001年1月，菏泽撤地改市，原菏泽市博物馆更名为菏泽市牡丹区博物馆，4月经菏泽市人民政府批准，牡丹区博物馆人财物全部上调菏泽市博物馆，牡丹区博物馆机构编制撤销，成立牡丹区文物保护管理所。2012年6月25日，经菏泽市牡丹区人民政府编制办批准成立牡丹区博物馆，与原牡丹区文物保护管理所一套班子,两块牌子，编制5人。2022年9月16日，经区委编办批准，菏泽市牡丹区文化旅游发展中心加挂牡丹区博物馆、牡丹区美术馆牌子，编制20人。