宜宾市蜀南竹海博物馆其前身是由长宁县文教局具体领导、文化馆负责承办，于1986年开始组建的一个新单位。1992年5月1日正式对外开放的原长宁县蜀南竹海博物馆，在2000年，调整为由市文化局和市竹海管理局双重管理的正科级事业法人单位并更名，同时与新成立的宜宾市蜀南竹海文物管理所，实行“两块牌子、一个机构”的体制，共有13个正式编制（含退休人员）。其主要职责是负责蜀南竹海风景区内资源保护开发利用的研究和文物保护管理工作。2019年8月8日，宜宾市蜀南竹海兴文石海生态文化旅游示范区管理委员会成立，市竹海管理局机构撤销。2020年3月，“两海”示范区管委会将蜀南竹海博物馆委托给市竹海旅发公司运营管理，由于前期博物馆进行提升改造，一直闭馆未对外开放。2021年12月，宜宾市蜀南竹海兴文石海生态文化旅游示范区文旅发展中心（挂宜宾市蜀南竹海博物馆牌子）正式接收博物馆并对外开放。“两海”文旅发展中心（宜宾市蜀南竹海博物馆）负责景区品牌建设、市场开发、文化遗产保护利用等相关事务性工作；负责蜀南竹海博物馆日常管理工作。展陈提升后的蜀南竹海博物馆内设自然馆：物华天宝·生态自然；历史馆：怀古窥源·崇拜自然；民俗馆（一）：器灵物饶·改造自然（生活）；民俗馆（二）：器灵物饶·改造自然（竹艺）；竹韵馆：风骨雅韵·超越自然。原有藏品634件。有保安人员24小时值守，设置有微型消防站，安防设施配有消防栓、灭火器、报警器等。