菏泽市抗日纪念馆为国有行业性纪念馆，馆藏文物丰富，品类众多，藏品的来源包括出土挖掘、民间征集、社会捐赠等。共收藏了抗日及解放时期文物1642件，形成了相对完整的藏品体系，反映了菏泽红色历史文化特色。整个展馆为三层复式结构，以“信仰的长征”主线，整个展览分为六个部分，分别为信仰之火、信仰之血、信仰之战、信仰之路、信仰之魂和后记信仰的长征，全面展示鲁西南革命英烈的光辉业绩和血染风采。 菏泽市纪念馆现有员工14人，在编职工6人，招聘合同制人员7人。其中大学本科学历6人，管理人员2人，专业技术人员5人，副高级职称1人、中级职称1人。纪念馆设馆长1人，副馆长1人，内设机构3个：办公室：3人。主要负责行政管理、后勤服务、党务人事、工资福利、文秘工作。业务宣传科：5人。主要负责展览陈列布展、对外联络、文物收藏、群众工作等项工作。保卫科：4人。主要负责馆藏文物安全及全馆的安全保卫工作。菏泽市抗日纪念馆对馆内安保工作非常重视，设有闭路摄像监控系统、门禁系统、巡更系统、触发报警装置和重要部位的震动报警装置。在中控室全天候24小时监控，建立了可靠有效的安保机制。