万人坑遗址形成于1943年，为了揭露日军罪行，淮南矿务局（现淮河能源集团）在党和政府领导下，于1968年发掘了万人坑，并在原址的基础上建立了大通万人坑教育馆。2005年，大通万人坑教育馆划归淮南市政府，由当时的淮南市文化局（现为淮南市文化和旅游局）具体负责。2005年9月起恢复对外开放。2013年，淮南市大通万人坑、秘密水牢等9处侵华日军淮南罪证遗址被国务院公布为第七批全国重点文物保护单位。2014年，淮南市大通万人坑教育馆被国务院公布为第一批国家级抗战纪念设施遗址。2016年，淮南市大通万人坑教育馆被国家14个部委公布为全国红色旅游经典景区。2017年，淮南市大通万人坑教育馆被中宣部确定为全国爱国主义教育示范基地。2019年，淮南市大通万人坑教育馆被评为全国关心下一代党史国史教育基地。 教育馆现有不可移动文物11处，其中对外开放的有万人坑、秘密水牢、碉堡水牢3处遗址。 馆内现有《日军侵占淮南煤矿罪证陈列》和《淮南早期煤矿史料陈列》两个基本陈列常年对外免费开放。 教育馆现有职⼯10⼈，其中副⾼级2⼈，中级4⼈，初级3⼈。教育馆对重点⻛险区域实施全天24⼩时监控，配有专职保安值守。在馆区及11处⽂物本体周边设置184处视频监控点，进⾏24⼩时轮巡监控。