上海海洋大学博物馆是依托鱼类学、水生生物学、海洋生物学、资源学等学科底蕴而建的特色展馆，下辖鲸馆、水生生物科技馆，是专业从事收集、研究、展示海洋生物及其文化的博物馆。鲸馆位于军工路校区，展示面积约900平方米，“镇馆之宝”是一条体长18.4米长的雄性抹香鲸外形与骨骼标本。水生生物科技馆位于沪城环路校区，展示面积约300平方米，展览主线按长江流向从源头一直到东海，围绕“人类与水世界和谐共处”主题，通过栩栩如生的水生生物标本和图文并茂的展板，利用灯光布景与现代化多媒体技术，营造多姿多彩的水生生物世界。 上海海洋大学博物馆一直以“普及海洋科学，传承海洋文化”为己任，致力于海洋社会教育事业。2000年被评为“上海市水生生物科普教育基地”，多次被评为“上海市优秀科普教育基地”，2014年获“全国水产科普教育示范基地”称号，2021年获批中国科学技术协会“全国科普教育基地”。