1986年11月，嘉善县人民政府批准单独成立嘉善县博物馆。2002年2月，嘉善县吴镇纪念馆设立，与嘉善县博物馆合署办公。2009年6月，设立嘉善县文物保护所，文保所和博物馆一套班子和人员。嘉善县博物馆新馆于2019年6月28日正式对外开放，2019年7月，与嘉善县吴镇纪念馆结束合署办公。博物馆理事会于2022年12月建立，有主办单位、博物馆、图书馆、文化馆以及教育界、法律界、旅游界、文化产业界、媒体界等理事共11名。 2024年，博物馆入藏文物3244件（套），其中一级文物1件（套），二级文物18件（套），三级文物525件（套），一般文物2392件（套），未定级文物308件（套）。 “地嘉人善——嘉善历史文化陈列”，讲述地域的历史文化概况，“田歌声声——五姑娘眼中的嘉善风物”，展示鲜明的地域文化个性和民风民俗。“不熄的窑火——嘉善砖瓦窑文化陈列”，展示区域经济中最具特色的砖瓦烧制产业。 博物馆从业人员总人数32人，其中事业编制14名，包括副研究馆员2人、馆员7人、助理馆员5人，另有编外合同工1名和劳务派遣工17名。 博物馆安防系统按照三级风险单位和局部二级风险部位进行设计、施工，馆内设置安防中心控制室，室外配备周界报警系统、视频监控装置、周界出入口控制装置，展厅、库房配备入侵报警系统、振动报警设备、玻璃破碎探测器，内部重要出入口有视频监控装置，配备专业的安保人员，负责治安保卫。