海拉尔博物馆2005年成立，与文物保护中心一个机构两块牌子，现有正式编制6个，均为大专以上学历。负责海拉尔区文物保护研究及各博物馆陈列布展、文物征集、馆藏保管、收藏整理等方面工作。 海拉尔现有博物馆3座，分别是：副都统衙门博物馆馆、海拉尔要塞遗址博物馆、哈克遗址博物馆。馆藏文物共计1049件（套），其中国家二级文物52件、三级文物45件。 副都统衙门博物馆，位于呼伦贝尔市海拉尔区哈萨尔桥西侧，2009年12月对外开放。馆舍由十座仿古建筑组成，其中传堂、册档房、堂司、左司、大堂、右司６个殿对外开放。全景展示了当年呼伦贝尔副都统衙门场景。 海拉尔要塞遗址博物馆，位于海拉尔区侵华日军海拉尔要塞北山遗址，于2008年9月对外开放。现为全国爱国主义教育基地、国家级国防教育基地、全国红色旅游经典景区。博物馆建筑面积4320平方米，馆内共分为四个展厅，并把原日伪地下要塞遗址修复后相互连接，馆内布展内容主要反映“九一八”事变至苏联红军出兵东北十四年间侵华日军在呼伦贝尔犯下的滔天罪行，展现出中、俄、蒙三国共同抗击法西斯侵略的国际主义精神。 哈克遗址博物馆,位于海拉尔区哈克镇哈克村，于2010年7月对外开放。建筑面积1600平方米。博物馆布展通过“石器顶峰”、“远古玉魂”、“民族摇篮”三个展厅及考古发掘现场，向大家展现了呼伦贝尔草原先民们生产生活的场面。