阜康市博物馆成立于一九九三年（阜政发[1993]49号），为事业单位，股级建制。与阜康市文物保护管理所（阜编字[1994]11号）实行一套人马，两块牌子。2005年11月2日正式列入参照公务员制度管理（昌州人通[2005]136号）。2011年9月4日，根据州编办《关于阜康市文物保护管理所更名等有关事宜的批复》（昌州机编办【2011】19号）精神，决定将“阜康市文物保护管理所”更名为“阜康市文物局”，与博物馆实行两块牌子、一套人马，属财政全额拨款的公益一类事业单位。根据阜党机编办【2017】52号文件《关于印发<阜康市文化体育广播影视局所属承担行政职能事业单位改革方案>的通知》文件精神，将原阜康市文物局1名事业编制调整至阜康市文化市场广播影视综合执法大队；将原阜康市文物局4名事业编制调整至阜康市博物馆，主要职责任务不变。阜康市博物馆总建筑面积4815.36平方米。其中成列布展面积3030.12平方米；办公室、文物库房、文物修复室及公共区域面积1785.24平方米。现有馆藏品5308件，其中二级文物3件，三级文物20件。