1938年12月8日，军政高层入驻黄山，黄山遂成为当时国民政府军事、政治、文化、外交的重要场所，是国共两党第二次合作的重要政治舞台，是世界反法西斯战争远东战区的指挥中心。1991年6月，云岫楼、草亭由重庆市文化局修复后成立重庆黄山陪都抗战遗迹陈列馆并对外开放；2000年9月，“黄山、南山陪都遗迹”被公布为重庆市第一批文物保护单位；2005年10月，成立重庆抗战遗址博物馆并对外开放；2013年被列为第七批全国重点文物保护单位。博物馆主体由十五处与抗战历史紧密相关的文物建筑构成，现有馆藏文物2203件（套），其中一级文物8件（套），二级文物68件（套），三级文物1186件（套），一般文物934件（套），未定级文物7件/套，文物年代主要为抗战时期，包括纸质类、纺织品类、木质类、金属类等类别。目前开放了云岫楼、松厅、孔园、综合陈列馆、草亭、云峰楼6个展馆，设有复原陈列16个、基本陈列8个，基本陈列包括《蒋介石：在战时首都重庆》《抗战时期的宋美龄》《英雄之城：大轰炸中的重庆》《抗战之都 英雄之城：重庆视野里的全民抗战》等。现有在编在职职工46名，其中管理人员21人，专业技术人员20人，工勤技能人员5人，外聘文物顾问（重庆大学教授）1人。有三防（安防、消防、防雷）各种设施，应急物资装备齐全。2024年成功建成国家二级博物馆。