东兴京族博物馆始建于2008年，当时与东兴京族生态博物馆合为一个项目进行建设。2005年东兴京族生态博物馆被自治区文化厅列为自治区重点文化建设项目——广西民族生态博物馆建设“1+10”工程之一；2006年东兴京族博物馆被国家发改委、国家民委批准为广西扶持人口较少民族发展专项建设规划项目；2007年3月，在自治区文化厅组织召开的评审会上确定将两馆合为一个项目进行建设；2008年4月项目动工，2009年7月博物馆建成并对公众开放。2014年4月，东兴京族非物质文化遗产馆在两馆基础上挂牌成立，形成了广西首个集传统博物馆、生态博物馆、非物质文化遗产馆于一体的三馆合一的博物馆。该馆现有藏品360件（套），主要为京族民俗藏品，所有藏品未进行评估定级；现有基本陈列1个，主题为“大海是故乡——广西东兴京族文化展”，面积1200平方米，展览内容有京族历史变迁、京族生产生活、京族习俗信仰、京族语言文字、京族民族服饰、京族音乐舞蹈等。