本馆由江汉关博物馆、武汉国民政府旧址纪念馆、詹天佑故居博物馆合并组建而成，三馆分别依托全国重点文物保护单位江汉关大楼、武汉国民政府旧址、詹天佑故居建设而成。本馆是以收藏、保护、研究和展示与武汉近现代历史相关的各类文物、文献及实物为主，为社会及其发展服务的非营利性永久机构。江汉关博物馆位于武汉市汉口沿江大道129号，2015年正式对外开放。依托近万件各类藏品、文献资料设计基本陈列《江汉朝宗——武汉城市现代化历程》展。武汉国民政府旧址纪念馆位于江汉区中山大道708号南洋大楼三楼。1956、1959年武汉国民政府旧址被先后公布为武汉市、湖北省级文物保护单位；1988年1月，武汉市文物管理部门在南洋大楼三楼300平方米的范围内，复原了国民党二届三中全会会场和国民政府部分办公用房，举办《武汉国民政府史迹陈列展览》，并成立武汉国民政府旧址管理所，正式对外开放。詹天佑故居博物馆位于武汉市江岸区洞庭街65号，是为纪念我国近代铁路建设史上杰出的爱国工程师詹天佑而建立的专题性人物纪念馆。2016年12月，三馆合并，开启了博物馆事业新征程。