2003年对蚝岗贝丘遗址进行考古发掘，出于保护和发掘需要，由东莞市南城街道办事处出资将原遗址上的民居拆迁。2005年4月至2007年6月，在省、市文物部门的大力支持下，决定在蚝岗贝丘遗址上兴建起东莞蚝岗遗址博物馆。经各方努力，东莞蚝岗遗址博物馆于2007年6月28日建成并免费向社会开放。博物馆现有馆藏藏品906件/套，以蚝岗新石器时代贝丘遗址出土的文物和三江流域彩陶文物为主要特色，其中馆内收藏的两具五千多年前的人类骨骸极具考古和科研价值。基本陈列方面，通过蚝岗遗址现场和出土文物结合，全面展示考古材料所反映的蚝岗人衣食住行等方面的生活状况，力求复原史前蚝岗先民的生产和生活的情景。博物馆共分为三层，包括遗址展厅、文物展厅、三江流域彩陶文化展厅、临时展厅等。人力资源方面，现有工作人员7人，编制名额为4人，专业技术岗位以本科学历层次为主。其中副高1人，中级3人，初级2人，并有一人现为国家水下考古队员，管理人员均具备大学以上文化程度。安防设施方面，我馆内部安装消防设施有：消防联动柜、红外对射火灾探测器、二氧化碳灭火器等；博物馆监控设施有：高清摄像枪、红外双鉴探头、旋转快球等用于整个博物馆的安全监控。