长岛航海博物馆位于庙岛村北显应宫，成立于1985年。庙岛显应宫始建于北宋宣和四年（1122），是目前所知我国北方地区第一座妈祖庙。现保存的建筑体属明清宫式风格，为高台式建筑。分外垣和内庭两部分，外垣包括台基、碟墙。内庭有三进院落，前院有山门、钟鼓楼和前殿，中院以大殿为主两侧配有东西廊房。后院以寝宫为主，两侧有配房。显应宫原保存有大量“愿船”，成为不可多得的古代船模实物资料，经1985年完成庙宇维修后，成立长岛航海博物馆作为收藏保管与展示航海文物的专业机构，同年正式对外开放。显应宫为一组古建筑群，包括关帝庙、三元宫、大戏楼等附属建筑。总占地14652平方米，建筑面积2560平方米，展览面积1320平方米。庙岛航海博物馆设在庙岛显应宫内，收藏并陈列文物、模型等75件。陈列形式以史为纲、纲目结合，多层次、多侧面地反映我国古代人民征服海洋的历史过程，内容包括航海起源、中国古代航海发展史。航海馆的展室均设在显应宫的殿及廊房、配房中。